ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ে শিক্ষার্থী থাকাকালীন ছাত্রদলের রাজনীতির সঙ্গে জড়িতের অভিযোগে নাফিসা আরেফিনের জেলা প্রশাসক (ডিসি) পদে নিয়োগের পর প্রজ্ঞাপন বাতিল করে আওয়ামী লীগ সরকার।  তিনি বিসিএস ২৪ ব্যাচের কর্মকর্তা ছিলেন। 

২০২২ সালের ৫ জানুয়ারি তাকে নীলফামারীর ডিসি হিসেবে নিয়োগ দিয়ে প্রজ্ঞাপন জারি করেছিল জনপ্রশাসন মন্ত্রণালয়। বিষয়টি নিয়ে ওই সময় একটি জাতীয় দৈনিকে প্রতিবেদন ছাপা হয়।

এর এক সপ্তাহ পর ১৩ জানুয়ারি ডিসি হিসেবে পদায়ন বাতিল করে তার স্থলে তারই ব্যাচমেট তৎকালীন কৃষিমন্ত্রী ড. আবদুর রাজ্জাকের একান্ত সচিব (পিএস) খন্দকার ইয়াসির আরেফীনকে নিয়োগ দেওয়া হয়েছিল।

এ ঘটনার আড়াই বছর পর আবারও ডিসি পদে নিয়োগ পেলেন প্রশাসনের দক্ষ কর্মকর্তা নাফিসা আরেফিন। সোমবার ২৫ জেলার ডিসি নিয়োগ দিয়ে প্রজ্ঞাপন জারি করেছে জনপ্রশাসন মন্ত্রণালয়। এবার তাকে ঢাকার পার্শ্ববর্তী গুরুত্বপূর্ণ জেলা গাজীপুরের ডিসি করা হয়েছে। 

খোঁজ নিয়ে জানা গেছে, নাফিসা আরেফিন ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ে পড়ার সময় শামসুন্নাহার হল ছাত্রদলের রাজনীতির সঙ্গে যুক্ত ছিলেন। নাফিসা জনপ্রশাসন মন্ত্রণালয়ের শৃঙ্খলা ও তদন্ত অনুবিভাগের উপসচিবের দায়িত্বে ছিলেন। তার বিরুদ্ধে ছাত্রদলের রাজনীতিতে যুক্ত থাকার অভিযোগ ওঠায় মন্ত্রিপরিষদ বিভাগে নতুন নিয়োগ পাওয়া ডিসিদের জন্য আয়োজিত ব্রিফিংয়েও তাকে ডাকা হয়নি।

একপর্যায়ে তার নিয়োগ আদেশ বাতিল করে আওয়ামী লীগ সরকার। পরে তাকে কৃষি মন্ত্রণালয়ে বদলি করা হয়। সেই থেকে তিনি সেখানেই দায়িত্ব রয়েছেন