বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিব মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয়ে ২৮টি বিভাগে বিভাগীয় প্রধান হিসেবে চেয়ারম্যান নিয়োগ দেওয়া হয়েছে। বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিব মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয় (সংশোধন) আইন-২০১২ এর ১১ ধারায় বিশ্ববিদ্যালয় আইন ১৯৯৮ সালের (১নং আইন) প্রতিস্থাপিত ২৭ (২) ধারা অনুয়ায়ী ১০ জুলাই থেকে পরবর্তী তিন বছরের জন্য উপাচার্য অধ্যাপক ডা. দীন মো. নূরুল হক এ নিয়োগ দেন। 

যেসব শিক্ষক চেয়ারম্যান হিসেবে নিয়োগ পেয়েছেন তারা হলেন- মেডিসিন অনুষদ থেকে এন্ডোক্রাইনোলজি বিভাগে অধ্যাপক ডা. মো. ফরিদ উদ্দিন, নেফ্রোলজি বিভাগে অধ্যাপক ডা. এএইচ হামিদ আহম্মদ, মনোরোগবিদ্যা বিভাগে অধ্যাপক ডা. মো. মহসিন আলী শাহ, রিউমাটোলজি বিভাগে অধ্যাপক ডা. আবু শাহীন, হেপাটোলজি বিভাগে অধ্যাপক ডা. মো. শাহিনুল আলম, হেমাটোলজি বিভাগে অধ্যাপক ডা. মো. রফিকুজ্জামান খান এবং প্যালিয়েটিভ মেডিসিন বিভাগের অধ্যাপক ডা. একেএম মতিউর রহমান ভুঞা; শিশু অনুষদে চেয়ারম্যান হিসেবে নিয়োগ পেয়েছেন শিশু হেমাটোলজি অ্যান্ড অনকোলজি বিভাগে অধ্যাপক ডা. মো. গোলাম হাফিজ, নিওন্যাটোলজি বিভাগে অধ্যাপক ডা. মো. আব্দুল মান্নান এবং শিশু নেফ্রোলজি বিভাগের অধ্যাপক ডা. রনজিত রঞ্জন রায়। সার্জারি অনুষদে চেয়ারম্যান হিসেবে নিয়োগ পেয়েছেন সার্জিক্যাল অনকোলজি বিভাগে অধ্যাপক ডা. ছয়েফ উদ্দিন আহমদ, জেনারেল সার্জারি বিভাগে অধ্যাপক ডা. মো. ইব্রাহীম সিদ্দিক এবং হেপাটোবিলিয়ারি, প্যানক্রিয়েটিক অ্যান্ড লিভার ট্রান্সপ্ল্যান্ট সার্জারি বিভাগে অধ্যাপক ডা. বিধান চন্দ্র দাস, কলোরেক্টাল সার্জারি বিভাগে অধ্যাপক ডা. মো. আবু তাহের, অবসটেটিক্স অ্যান্ড গাইনোকোলজি বিভাগের অধ্যাপক ডা. ফাহমিদা জাবিন, ইউরোলজি বিভাগে অধ্যাপক ডা. মো. হাবিবুর রহমান দুলাল, কার্ডিয়াক সার্জারি বিভাগের অধ্যাপক ডা. মো. আসলাম হোসেন, অটোল্যারিংগোলজি হেড অ্যান্ড নেক সার্জারি বিভাগে অধ্যাপক ডা. এএইচএম জহুরুল হক সাচ্চু, শিশু সার্জারি বিভাগের অধ্যাপক ডা. সুশংকর কুমার মন্ডল এবং ভাসকুলার সার্জারি বিভাগে ডা. মো. সাইফ উল্লাহ খান। বেসিক সাইন্স ও প্যারা ক্লিনিক্যাল সাইন্স অনুষদে চেয়ারম্যান হিসেবে নিয়োগ পেয়েছেন ফার্মাকোলজি বিভাগে অধ্যাপক ডা. মো. সায়েদুর রহমান, এনাটমি বিভাগে অধ্যাপক ডা. নাহিদ ফারহানা আমিন, ল্যাবরেটরি মেডিসিন বিভাগের অধ্যাপক ডা. মো. সাইফুল ইসলাম, ফিজিওলজি বিভাগের অধ্যাপক ডা. তাসকিনা আলী এবং ভাইরোলজি বিভাগের অধ্যাপক ডা. মুনিরা জাহান। ডেন্টাল অনুষদে চেয়ারম্যান হিসেবে নিয়োগ পেয়েছেন অর্থোডনটিক্স বিভাগে অধ্যাপক ডা. গাজী শামীম হাসান, ওরাল অ্যান্ড ম্যাক্সিলোফেসিয়াল সার্জারি বিভাগে অধ্যাপক ডা. মাহমুদা আক্তার এবং প্রস্থোডনটিক্স বিভাগের অধ্যাপক ডা. মো. আমজাদ হোসেন।